循環器内科および心臓血管外科で構成される心臓血管センターが対応する疾患は、冠動脈疾患（狭心症、心筋梗塞）、大動脈疾患（大動脈解離、大動脈瘤）、末梢動脈疾患（閉塞性動脈硬化症、重症虚血肢）不整脈（頻脈、徐脈）、心不全（急性、慢性）、弁膜症、静脈血栓塞栓症（肺塞栓、深部静脈血栓症）、高血圧症など多岐に渡ります。中でも緊急性のある急性心筋梗塞や急性下肢動脈閉塞、大動脈解離等に対する治療は、高度救命救急センターと連携し、24時間365日救急対応しております。
冠動脈疾患に対する経皮的冠動脈インターベンション（PCI）においては、生理学的評価によって適切な血行再建を心掛けており、さらには石灰化や動脈硬化病変を削り取るデバルキングデバイスを駆使し、慢性完全閉塞を含めたあらゆる高難易度病変にも対応しています。また、末梢動脈疾患（PAD）に対する血管内治療（EVT）や頻脈性不整脈に対するカテーテルアブレーションにも積極的に取り組んでおり、京都府下でも有数の治療経験を有しております。